Vi khuẩn gây bệnh viêm phổi (Pneumococcus) có đặc trưng là các khuẩn lạc trơn và có một lớp màng nhầy polysaccharide bao gồm sự hình thành kháng thể; các chủng khuẩn lạc khác nhau được phân loại tuân theo đặc điểm miễn dịch của chúng.[1]

Thủ tục sàng lọc mà Avery thực hiện đó là đầu tiên tiêu diệt chủng khuẩn lạc trơn (gây độc) bằng nhiệt và ngâm chiết (leaching) các thành phần hòa tan trong nước mặn (saline water). Tiếp theo, protein được kết tủa bằng cách sử dụng clorofom và lớp màng nhầy polysaccharide bị thủy phân bằng một loại enzyme. Sự kết tủa miễn dịch gây ra bởi những kháng thể loại đặc hiệu được sử dụng để xác nhận lớp màng nhầy đã bị phá hủy hoàn toàn. Sau đó, những phần còn hoạt động được kết tủa bởi quá trình cất phân đoạn (fractionation) bằng cồn, tạo thành các dạng sợi mà có thể loại ra được bằng đũa khuấy.[1]

Phân tích hóa học chỉ ra thành phần cacbon, hiđrô, nitơ, và phốt pho chứa trong phần còn hoạt động là giống với thành phần hóa học của DNA. Để chứng tỏ rằng DNA chứ không phải là các phân tử khác như RNA, protein, hoặc một số thành phần tế bào tham gia vào quá trình biến nạp, Avery và các cộng sự đã thực hiện một số kiểm định sinh hóa. Họ tìm thấy các enzyme trypsin, chymotrypsin và ribonuclease (các enzyme có tính năng phá vỡ cấu trúc protein hoặc RNA) không ảnh hưởng tới phần còn hoạt động, nhưng khi trộn enzyme chuẩn bị "deoxyribonucleodepolymerase" (một dạng chuẩn bị thô, thu được từ một số động vật, mà có khả năng phá vỡ cấu trúc DNA) vào dung dịch đã làm tắt quá trình biến nạp.[1]

Các nghiên cứu kỹ lưỡng hơn về sau bởi Moses Kunitz năm 1948 nhằm đáp lại những phê bình và thử thách sàng lọc và tinh thể hóa loại enzyme DNA depolymerase (deoxyribonuclease I), và công trình chính xác của Rollin Hotchkiss đã chứng tỏ rằng gần như mọi nitơ có trong DNA được sàng lọc xuất phát từ glyxin, một sản phẩm của quá trình phá vỡ nucleobase adenine, và Hotchkiss ước lượng chỉ có khoảng 0,02% lượng protein lẫn tạp là không phát hiện được.[11][12]